首先要說的是，過濾棉清洗千萬不要認為洗的越干凈越好，而且不能硬搓。過濾棉是過濾器中物理過濾最密集的地方，也是硝化菌繁衍生長最密集的地方。所以建議過濾棉要少清洗，每次只清洗一半，下次再清洗另一半，清洗時要使用原缸的澄清水。不能使用清洗劑，更不能使用熱水，這樣會使硝化系統受到抑制或崩潰。
而且過濾棉最好不要經常換，那離也是硝化菌的家。可以根據情況要進行替換，使用過久積殘物也會影響效率。建議你到濾棉實在不能在用（過濾效果明顯不好）再換。還有活性炭會改變水的PH值，影響有益菌的生長，因此不到水有異味的情況下，最好不要用。
有個魚友這樣告訴我，他的棉是臟到溢水了，然后拿去用魚缸內的原水換出來的一桶水隨便的用手擰擰，沖沖表面的臟物就可以了。我認為這樣很好，騎士只要把一些附著在濾棉上的魚便清洗掉，然后增強其透水性就可以了。
